מחלות אוטואימוניות
תחום המחלות האוטואימוניות הוא תחום הקשור למסגרת פעולתה של מערכת החיסון. מחלות אוטואימוניות מתהוות כאשר משתבש תפקוד מערכת החיסון.
מצוי כישלון היכולת של מערכת החיסון לזהות מי הוא האויב מבחוץ ומי "משלנו". כתוצאה מכך תוקפת מערכת החיסון את הרקמות שלנו. היא יכולה לתקוף תא בודד, היא יכולה לתקוף מערכת, ואפילו לתקוף איבר שלם. זהו כישלונו של "הצבא" להגן מפני פולשים מבחוץ, אך יותר מכך, זהו כישלון בהתמודדות עם זיהוי אנשיו. מושג זה, קיים גם במערכות צבאיות, ומכונה "ירי על כוחותינו".